猪眼肌面积的全基因组关联分析

为了研究杜洛克猪和杜长大猪校正115 kg眼肌面积(corrected loin eye area at 115 kg)的遗传参数及相关的候选基因,试验收集 2783 头杜洛克猪和 2424 头杜长大猪的LEA115 数据,使用Gene Seek GGP 50K芯片对杜洛克猪与杜长大猪进行基因分型.对杜洛克猪的基因型数据进行质量控制,去除个体基因型检出率<0.95 的样品,去除单核苷酸多态性(single-nucleotide pdymorphism,SNP)基因型检出率<0.99、最小等位基因频率<0.05、哈代-温伯格平衡检验P值<1×10-6 的SNP 位点;对杜长大猪不进行哈代-温伯格平衡检验,其余质量控制条件同杜洛克猪.利用ASReml软件对杜洛克猪与杜长大猪的 LEA115 进行遗传参数估计,使用 rMVP 软件包提供的 FarmCPU(fixed and random model circulating probability unification)模型对杜洛克猪与杜长大猪的LEA115 进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),筛选显著的SNP 位点,在显著SNP 位点上下游 500 kb范围内挖掘潜在候选基因.通过 NCBI 和 Animal QTL 等数据库最终鉴定出杜洛克猪和杜长大猪LEA115 的候选基因.结果表明:杜洛克猪和杜长大猪的LEA115 均为低等遗传力,分别为 0.13 和0.09.与杜洛克猪LEA115 显著相关的显著SNP位点有11 个,分布在5,6,7,8,13,14,15,16 号染色体上;与杜长大猪LEA115 显著相关的SNP位点有10 个,分布在1,2,6,7,8,9,13 号染色体上.KLHL21、NUDT3、PACSIN1、SPDEF、SNRPC、ANKS1A、ENSSSCG00000043323、CHCHD6 基因可作为杜洛克猪 LEA115 的候选基因;ENSSSCG00000052059、SLC39A7、ABHD4 基因可作为杜长大猪LEA115 的候选基因.说明与猪LEA115 显著相关的SNP 位点和候选基因为猪LEA115 的标记辅助选择提供了分子遗传标记.