基于Illumina HiSeq平台的翘嘴红鲌转录组测序分析

目的:翘嘴红鲌(Erythroculter ilishaeformis)作为中国重要的经济性鱼类,现受到生态环境和人为因素的影响,种质资源极速下降,因此从分子层面评估种群遗传结构及多样性.方法:以翘嘴红鲌为研究对象,使用高通量测序技术对肌肉和肝脏进行转录组测序,经过质控和过滤后,获得 967 109 550 clean read.结果:对 clean read进行组装拼接,获得 80 945 107 条unigene序列和 137 435 647 条 transcript 序列.注释到NR、Swiss-Port、Pfam、GO、KEGG Pathway、COG 数据库的 unigene 分别为 38 324、23 493、22 944、28 884、21 890 和 27 730 条.在 6 个数据库平均得到注释的unigene为 27 210 条.GO 功能注释中,28 884 条 unigenes 分配到 53 个功能群,GO 功能条目中注释较多的是结合功能、细胞组分、细胞过程、膜组分和细胞器官等.KEGG pathway的富集分析发现,在新陈代谢、基因信息处理、环境信息处理、人体疾病、有机体系统、细胞过程等 6 个信号代谢途径中有 21 890 条 unigenes 获得注释.利用 MISA 程序对unigene进行检索,共测出 33 405 个位点,分布于 21 396 条unigene中,其发生频率达 50.99%,出现频率达 79.62%.SSR重复类型以单核苷酸重叠型最多(60.00%),其次为二核苷酸重叠型(26.42%)、三核苷酸重叠型(9.07%)和四核苷酸重叠型(2.99%).五核苷酸重叠型(0.47%)和六核苷酸重叠型(0.04%)为最少.结论:翘嘴红鲌的转录组测序为种质资源和遗传结构的研究提供了相关的数据支撑,也为后续发掘翘嘴红鲌功能基因及相关分子生物学的研究提供相关依据.