基于 Kingfisher Flex系统树木叶片 RNA的提取方法比较及优化

随着林木功能基因组学的发展，如何快速高效地提取高质量的核酸变得越来越重要。本研究基于 Kingfisher Flex 全自动磁珠提取纯化系统，以细叶桉叶片为材料，利用 5 种磁珠法 RNA 提取试剂盒 (A / B / C / D / E) 比较提取 RNA 的质量和纯度，筛选出试剂盒 C 为最佳试剂盒。在试剂盒 C 默认提取程序基础上，利用正交设计 L 9 (3 4 ) ，研究 Kingfisher Flex 全自动磁珠提取纯化系统上不同洗涤速度、洗脱速度及时间等机器参数对提取 RNA 的浓度和纯度的影响。正交试验结果表明，对提取 RNA 的浓度和纯度影响最大的机器参数是洗涤速度，正交试验最优程序组合下提取 RNA 的纯度稍优于试剂盒 C ，但是得率仅为试剂盒 C 的 1 / 3 ，综合比较后确认试剂盒 C 默认程序为提取细叶桉叶片 RNA 的最优提取程序。另外利用试剂盒 C 也分别对降香黄檀、大果紫檀、油楠、檀香、黑木相思和柚木这六个树种的叶片 RNA 进行提取，结果表明提取出的 RNA 均满足 cDNA 建库以及转录组测序实验的要求。本研究建立了 Kingfisher Flex 全自动磁珠提取纯化系统上树木叶片 RNA 的高效提取方法，对树木叶片高通量 RNA 提取有重要的应用价值，并为其他树种在提取 RNA 程序上对相关参数进行优化和设置提供了参考。