我国16省份猪流行性腹泻病毒临床检测及基于S基因的遗传进化分析

为了解猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)在国内的流行与变异情况,本研究应用RT-PCR方法对 2020-2021 年采集的16 省市共732 份猪腹泻病料进行PEDV核酸检测,并对PEDV阳性样本进行S基因扩增、测序以及遗传进化分析.结果显示,2020-2021年采集的732 份样本中489 份PEDV阳性,阳性率为66.80%.获得76 株PEDV S基因序列,遗传进化和核苷酸一致性分析显示71 株为GⅡb型、5 株为S INDEL型,毒株间核苷酸序列一致性为93.9%～100%.对贵州铜仁 2020 年2 株和 2021 年 3 株S基因序列比对结果显示,2021 年 3 株S基因序列一致性为 100%,且与 2020 年的1 株序列一致性为99.9%;对江苏盐城2020 年2 株和 2021 年 2 株S基因序列比对分析,其核苷酸一致性为97.6%～99.2%.对获得的 76 株S基因编码蛋白的氨基酸序列比对分析,与疫苗株CV777 相比,71 株GⅡb型毒株S基因序列与GII型代表株具有高度相似的遗传标记,包括在 58～59 位氨基酸之间存在 4 个氨基酸的插入,在 139～140 位氨基酸间存在 1 个氨基酸的插入;5 株S基因序列除具有与S-INDEL型代表株相同的遗传标记外,在 139～140 位氨基酸间存在 1 个氨基酸的缺失,且在S蛋白N端存在多处连续突变;此外,ZJLS10-2021 株、GXNN14-2021 株与其他基因型相比分别在1267～1268 位氨基酸之间存在 1 个氨基酸的插入,在 379～383 位氨基酸之间存在3 个氨基酸的插入.研究结果表明,我国不同省市PEDV S基因具有易突变特性,同一地域主要流行毒株具有相对遗传稳定性.本研究为进一步监测和分析引起我国猪群腹泻的发生、流行、追踪和溯源及研究PEDV传播的途径和遗传变异规律提供了有力的数据支持,同时为猪腹泻病的防控和疫苗研发提供理论和技术参考.