新德里番茄曲叶病毒西瓜分离物的全基因组序列测定及分析

从上海采集到表现卷叶和黄化症状的西瓜病叶,为明确其病原类型,本研究提取病叶RNA并进行小RNA高通量测序,经序列拼接比对和斑点酶联免疫吸附试验(dot-enzyme linked immunosorbent assay,Dot-ELISA),证实病样感染新德里番茄曲叶病毒(tomato leaf curl New Delhi virus,ToLCNDV).进一步通过滚环复制(rolling circle replication,RCR)富集DNA,利用背靠背引物进行聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增,获得2个ToLCNDV西瓜分离物的DNA-A和DNA-B全长序列,暂命名为ToLCNDV SH-WM1和ToLCNDV SH-WM2.使用MEGA 11.0、SDT v1.2等软件进行系统进化分析,结果表明,ToLCNDV SH-WM1与ToLCNDV SH-WM2及已报道的ToLCNDV其他中国分离物的亲缘关系较近,其全核苷酸序列相似度为98.99%～99.70%.全基因组多态性分析及群体变异分析显示,ToLCNDV中国分离物的单核苷酸变异率小于3%,其中,同义突变位点46个,非同义突变位点29个,不存在插入或缺失突变,各个编码蛋白中AC4蛋白氨基酸序列最为保守.本研究揭示ToLCNDV中国分离物具有较低的种内遗传变异.