鸡环状RNA circWWP1的鉴定及组织表达研究

[目的]鉴定鸡体内存在环状RNA(circRNA)含WW结构域的E3泛素蛋白连接酶1(circWWP1)的表达,并进一步探究其组织表达特征及其在鸡肌肉生长发育过程中的作用及可能作用机制,为研究circWWP1对鸡肌肉发育的调控机制奠定基础.[方法]利用PCR扩增、DNA测序、RNase R酶消化、放线菌素D处理鉴定circWWP1的真实性和稳定性,采用实时荧光定量PCR检测circWWP1的组织表达特征.利用在线软件预测circWWP1 miRNA的结合位点及其靶基因,利用Cytoscape 3.9.1软件构建circWWP1-miRNA-mRNA网络图,并进行GO功能和KEGG通路富集分析.[结果]鸡circWWP1真实存在且稳定表达,耐受RNase R酶的消化和放线菌素D处理.circWWP1在成年鸡各组织中广泛表达,胸肌中表达量显著高于其他组织(P＜0.05);仅在22日龄雏鸡胸肌和腿肌组织中表达;成年鸡胸肌、腿肌组织中circWWP1表达量均显著高于22日龄雏鸡(P＜0.05).circWWP1-miRNA-mRNA 网络调控分析获得 3 个靶向 miRNA(gga-miR-454-3p、gga-miR-130a-3p 和 gga-miR-301b-3p)及其下游靶向的208个基因;GO功能富集显示,circWWP1靶基因显著富集于38个GO条目;KEGG通路富集分析结果显示,circWWP1靶基因主要参与和细胞增殖、胚胎发育等过程相关的Hedgehog信号通路.[结论]circWWP1在鸡体内存在且稳定表达,在不同年龄鸡胸肌、腿肌组织中高表达,可能通过Hedgehog信号通路在鸡胚发育及肌肉细胞增殖、分化过程中发挥作用.