一种分离自茶卡盐湖的盐单胞菌Halomonas chakariensis strain CH40T的新种鉴定

目的 为挖掘青藏高原超盐盐湖中的嗜盐微生物新种资源,对从青海茶卡盐湖水样和底泥混合物中分离到的一株细菌CH40T进行新种鉴定.方法 对提取菌株的 16S rRNA基因进行扩增测序,并在GenBank、EzBiocloud网站上进行BLAST比对,利用MEGA 7 软件构建系统发育树做新种鉴定.利用光学显微镜和扫描电镜观察菌株形态,采用分光光度法测定不同培养条件下的菌株生长情况并判断其最适生长条件,采用试剂盒法测定菌株的生理生化特征.采用Illumina Hiseq、PacBio RS Ⅱ单分子实时(SMRT)系统对菌株进行全基因组测序,通过ANI、dDDH分析确定CH40T 的新种地位.采用16S rRNA和gyrB、rpoD基因序列构建系统发育树,确定CH40T的系统发育地位.结果 经 16S rRNA测序比对分析表明,菌株CH40T 属于盐单胞菌属.菌株为革兰氏染色阴性菌,呈杆状,需氧,含鞭毛.菌落呈乳白色,圆形,光滑湿润,能够在温度为 10℃～40℃(30℃～37℃为佳)、酸碱度为6.0～10.0(最适7.0)和盐度为 1%～20%(2%～7%为佳,w/v)的条件下生长.基因组不含质粒,全长3.76 Mbp,与系统发育地位相近菌株的全基因组ANI、dDDH分析结果均低于ANI 95%和dDDH 70%的新种鉴定阈值.结论 菌株CH40T是Halomonas属的一个新物种,为中度嗜盐菌,命名为茶卡盐单胞菌(Halomonas chakariensis).