2018年云南省手足口病与疱疹性咽峡炎柯萨奇病毒A6型全基因组比较分析

目的 分析2018年云南省17株引起手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)与疱疹性咽峡炎(herpan-gina,HA)的柯萨奇病毒A6型(Coxsackievirus A6,CVA6)全基因组特征,了解不同致病CVA6之间的基因差异.方法 随机抽取昆明市儿童医院2018年临床诊断为HFMD与HA的1 909份粪便样本,使用肠道病毒A组通用引物进行检测并筛选CVA6阳性样本.用CVA6全基因组引物进行序列扩增,经BioEdit软件拼接后获得CVA6全基因序列,应用BioEdit、MEGA7.0、Simplot、Heml 1.0及Phyre2等软件分析CVA6全基因组特征.结果 筛选出CVA6阳性样本929份,获得CVA6全基因序列17株(其中9株临床诊断为HFMD,8株临床诊断为HA);17株CVA6在全基因系统进化树上均处于Ⅳ型分支;HA、HFMD代表株未发生明显重组,但在非结构蛋白3D区发生变异;HFMD、HA代表株在VP1的S597T、Q705L和Q663L位点存在差异,在线预测分析发现其VP1二级结构与CVA6原型株一致,未发生改变.结论 引起HFMD与HA的17株CVA6之间具有较高的基因组同源性,同时也存在核苷酸及氨基酸差异,这种变化可能对CVA6的复制及适应性产生影响.