基于IPA分析SF3B4作为胃癌潜在生物标志物的分子机制

目的 基于 IPA(Ingenuity Pathway Analysis)进行生物信息学分析,探讨剪接因子 3b 亚基 4(SF3B4)作为胃癌潜在生物标志物对人胃癌细胞的分子调控机制.方法 采用免疫组化法分析 SF3B4 蛋白在人胃癌组织和癌旁正常组织中的表达情况,荧光定量 PCR(RT-qPCR)法检测 SF3B4 mRNA 在人胃癌细胞系AGS、HGC-27、KATO Ⅲ、NCI-N87 和MKN-74 的表达水平.采用短发夹 RNA(shRNA)技术沉默 SF3B4 基因,RNA测序(RNA-seq)检测 SF3B4 沉默后 AGS细胞基因表达谱变化,输入 IPA系统进行经典通路、疾病与功能、互作网络等分析,并筛选出关键基因进行 RT-qPCR 验证.结果 SF3B4 蛋白在胃癌组织中的表达显著高于癌旁正常组织(P＜0.05),SF3B4 mRNA在人胃癌细胞系AGS、HGC-27、KATO Ⅲ和MKN-74 中呈高表达,在 NCI-N87 中表达水平一般.RNA-seq 显示,与对照组比较,SF3B4 沉默组中 105 个基因为差异表达基因,其中上调基因 64 个,下调基因 41 个.IPA经典通路分析显示,SF3B4 沉默后,坏死性凋亡信号通路、衰老途径显著抑制.疾病功能和互作网络分析显示,SF3B4 在胃癌中发挥重要作用,主要影响自噬、细胞周期等功能.RT-qPCR验证发现,DNAJA3、PPP3CB、VDAC1、FOXO3、EI24 和 DRAM2 基因在 SF3B4 沉默后表达下调.结论 SF3B4 在胃癌组织和胃癌细胞系中高表达,可能是潜在的胃癌生物标志物,可通过调控凋亡信号通路、衰老途径、自噬等通路参与胃癌的发生发展,并可能与 DNAJA3、PPP3CB、VDAC1、FOXO3、EI24 和 DRAM2等基因相关.