癌睾丸基因的基因表达程序分析
Journal of Shanghai Jiaotong University(Medical Science)(2023)
Abstract
目的·基于睾丸单细胞转录组数据,鉴定精子发生过程中癌睾丸基因(cancer-testis gene,CTG)的基因表达程序(gene expression program,GEP),并探究其与肿瘤患者预后的关系.方法·从GTEx数据库和TCGA数据库获取正常组织和肿瘤组织的表达谱,筛选CTG.基于睾丸单细胞转录组,使用leiden聚类算法鉴定出CTG在精子发生过程中的GEP.使用DecoupleR评估GEP的活跃程度,以确定每个GEP活跃的细胞类型和精子发生时期.利用DecoupleR评估GEP在肿瘤组织中的活跃程度,并分析GEP与肿瘤患者生存的相关性.结果·基于GTEx和TCGA数据库中正常组织和肿瘤组织的基因表达谱,筛选到917个CTG.利用CTG在睾丸单细胞转录组中的表达情况,通过聚类算法鉴定出7个GEP.GEP活性分析结果表明,GEP5活跃于精子发生前期,包括精原干细胞、分化中的精原细胞和早期初级精母细胞等细胞类型.统计其在染色体上的分布发现,GEP5包含的基因主要分布于X染色体上.生存分析结果表明GEP5在多种肿瘤类型中的活跃程度与患者的生存情况呈负相关.结论·在精子发生过程中,GEP5活跃于精子发生过程的前期,其包含的基因主要分布于X染色体上.在多种肿瘤类型中,GEP5的活跃程度与患者的预后密切相关.
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Key words
cancer-testis genes,gene expression program,single-cell gene expression analysis
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