栀子叶绿体基因组密码子偏好性分析

分析栀子叶绿体基因组密码子的偏好性并探讨其主要影响因素,为栀子叶绿体基因组研究及其遗传改良提供参考依据.利用Codon W1.4.2、CUSP和SPSS 20.0 软件统计和计算密码子的碱基含量,分析密码子使用模式.结果表明:栀子叶绿体基因组密码子第 3 位GC含量(GC3)为 28.44%,低于第 1(GC1)、2 位GC含量(GC2),GC1 和GC2 分别为 47.33%、39.56%;有效密码子数(ENC)为 36.78～56.95,平均值为 47.42;ENC与GC1、GC2 之间的相关性均不显著,与GC3 之间呈极显著正相关,相关系数为 0.356;GC1 和GC2 的平均值(GC12)与GC3 之间的相关性不显著,相关系数为 0.102;45.45%基因的ENC比值频数为 0.0～0.1;结合高频及高表达密码子分析结果,最终确定UUU、UUA、UUG等 19 个密码子为栀子叶绿体基因组的最优密码子.综合分析显示,栀子叶绿体基因组密码子末位碱基偏好以A或U结尾,偏好性弱,其密码子偏好性主要受自然环境选择和突变因素的影响,是多因素共同作用的结果.