基于癌症基因组图谱数据库探索肿瘤突变负荷及差异基因与卵巢癌的预后分析

目的 分析肿瘤突变负荷(TMB)及基因差异表达与卵巢癌患者预后的关系,并依据TMB背景下获取免疫细胞浸润分布情况分析其对卵巢癌患者预后的影响.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取卵巢癌患者体细胞突变数据、基因转录组数据及临床信息,利用R软件对数据进行生存分析及差异分析,采用非负矩阵分解CIBERSORT算法确定免疫细胞与TMB亚型之间的相关性.结果 纳入卵巢癌体细胞突变数据下载的样本,其中突变种类最多的为错义突变;变异类型中单核苷酸多态性(SNP)占比最大.单核苷酸变异种类(SNV)中的C＞T转换最多,C＞A次之;突变频率最高的基因为TP53,其次为TTN,但二者是否突变与生存时间无关(P=0.921、0.431);BRAC1 是否突变与生存时间无关(P=0.110);TMB 水平与卵巢癌总生存时间无关(P =0.053),与无进展生存时间相关(P = 0.007).高 TMB 组与低 TMB 组之间筛选出 5 个差异表达基因,分别是 AGR3、IGSF23、ALDH1 A2、GNAO1、FCRL6;其中IGSF23 为上调基因(在差异分析中发现,在高TMB水平下,IGSF23 呈现高表达),其余4 个为下调基因.对已筛选出的差异表达基因进行生存分析:ALDH1 A2 与总生存时间相关(P = 0.048);AGR3 及IGSF23 与无进展生存相关(P=0.037、0.024).对两组之间浸润性免疫细胞的占比进行差异分析,发现活跃B细胞及活跃自然杀伤细胞在低TMB组中占比更高(P＜0.05),M0、M1 巨噬细胞的浸润程度在高TMB组中占比较高,M2 巨噬细胞在低TMB组中占比较高.结论 TMB与卵巢癌的预后存在相关性,高TMB能够获得更长的生存时间;IGSF23 的表达水平可能更好地作为卵巢癌患者预后判断的指标.M1 巨噬细胞在卵巢癌中的抗肿瘤作用得到了验证.