延胡索转录组表达序列标签微卫星标记的开发及其功能分析

目的 研究延胡索块茎和叶转录组水平上表达序列标签微卫星(EST-SSR)的分布规律,分析其差异性,并探索含EST-SSR基因的生物学功能,为延胡索遗传多样性评估和遗传育种提供方法和依据.方法 利用生物信息学方法构建延胡索块茎和叶的转录组EST-SSR序列库,识别和搜索其EST-SSRs序列,利用TBtools进行GO功能分析,使用KAAS进行KEGG通路富集分析.结果 延胡索的块茎和叶转录组中分别有7 952个和137 197个EST-SSR位点,其序列长度占其转录组长度的比例分别为0.87％、0.89％,丰度分别为475.76、458.91个·Mb-1.延胡索块茎和叶转录组均为三碱基重复类型最多,其中,以AAG/CTT重复类型最多.通过对延胡索块茎含有EST-SSR的unigene进行功能富集分析表明:含EST-SSR的unigene序列的差异表达基因与化合物结合功能、有机物代谢功能、核糖体功能、氧化磷酸化等通路有关.结论 延胡索块茎和叶转录组EST-SSR的比例、丰度和密度高度一致,其中,含EST-SSR的unigene具有显著的生物学功能.