广西巴马小型猪NLRP6基因的克隆、生物信息学及组织表达分析

为探究NLR Family Pyrin Domain Containing 6(NLRP6)在广西巴马小型猪的蛋白结构和组织表达水平,本实验以巴马小型猪为材料,通过克隆获取了NLRP6的CDS序列全长,并进行生物信息学和组织表达谱分析,同时采用qRT-PCR分析NLRP6基因在不同组织的表达分布情况.结果显示,NLRP6基因的CDS序列全长为 2640 bp,编码 879 个氨基酸.生物信息学分析表明,NLRP6 蛋白分子式预测为C4294H6958N1234O1272S37,等电点为 8.12,为亲水性碱性蛋白质.经氨基酸序列比对和物种进化树分析发现,广西巴马小型猪NLRP6基因与猪的遗传距离最近,其次是牛,与小鼠的遗传距离最远.qRT-PCR结果表明,NLRP6基因在肾脏组织表达最高,同时在小肠部位具有很高的表达水平,但在心脏和肌肉组织中表达量极低.本研究结果为进一步研究猪NLRP6基因提供了理论参考.