基于GEO数据库的酒精依赖患者差异表达基因生物信息学分析

目的 通过对酒精依赖患者基因数据集进行生物信息学分析,探索酒精依赖发生发展的分子标志物.方法 从基因表达数据库(GEO)下载GSE62699表达数据集,包括18例酒精依赖患者及18例健康人群的伏隔核组织样本.使用R软件筛选出差异表达基因,之后对差异表达基因进行功能注释,包括基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.利用STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络并进行分析,使用CytoHubba插件筛选核心基因.最后对所得到的核心基因进行验证.结果 在酒精依赖患者和健康人群之间,共分析得到236个差异表达基因,包括131个上调基因105个下调基因.应用CytoHubba插件共得到11个核心基因.通过验证获得4个分子标志物.结论 谷氨酸脱羧酶2(GAD2)、基质金属蛋白酶抑制剂1(TIMP1)、胆囊收缩素(CCK)、突触体相关蛋白(SNAP25)、内皮素1(EDN1)可能在酒精依赖的发生发展中发挥作用.