基于分子对接发现抗SARS-CoV-2的潜在天然化合物

目的:筛选靶向新型冠状病毒(SARS-CoV-2)刺突糖蛋白(S蛋白)(记为SARS-CoV-2-S蛋白)的天然小分子化合物.方法:采用同源模建方法,以同源性高的SARS-CoV的S蛋白为模板,建立SARS-CoV-2-S蛋白的三维空间结构并进行优化.利用Glide方法进行分子对接,从中药化学成分数据库(TCM database)中筛选与SARS-CoV-2-S蛋白具有潜在结合能力的天然化合物小分子.结果:研究对接结果发现,对接打分值排名前10的化合物分别来自植物牛蒡子、蛇菰、石蒜、红萝卜、黄水仙、番荔枝.结论:通过基于分子对接的虚拟筛选得到与SARS-CoV-2-S蛋白具有潜在相互作用的化合物,这些化合物均来源于具有清热解毒、宣肺祛痰功效的植物,且这些植物具有一定的抗病毒活性.本次筛选结果为后续的活性测试及药物开发节省了大量的时间和成本.