基于几何方法的甲型H1N1基因组序列分析

随着测序技术的发展,目前数据库中DNA序列数据呈指数增长,如何从这些抽象的序列数据中获取有用信息已经成为生物信息学亟待解决的问题之一.几何方法作为一种直观化强,并能够提供定量表示DNA序列数值数据的有效工具在生命科学研究中受到广泛地重视和应用.自Hamori和Ruskin[1] 1983年首次提出H曲线来描述DNA序列以后,许多几何模型相继被提出[2-7],这些方法都是基于单核苷酸构建的,随着功能基因组学的发展,人们发现很多情况下用二联体代替单碱基来描述DNA序列具有更好的效果[8].因此,一些直接基于二联体的几何模型被提出[9-14],这些模型在同源序列相似性分析方面进行了大量的理论计算,但大多数模型忽略了对其DNA序列生物学内涵的深入挖掘,导致在实际研究中应用较少.基于Yu等[9]提出的DN曲线应用到H1N1基因组序列中,分别对相应序列进行了进化分析和突变分析,取得了较好的效果,现综述如下.