基于药效团和分子对接筛选D-丙氨酰-D-丙氨酸连接酶抑制剂
Journal of Jiangsu Ocean University(Natural Sciences Edition)（2023）
Abstract
试图通过虚拟筛选来发现具有抑制 D-丙氨酰-D-丙氨酸连接酶(D-alanine-D-alanine lig-ase,Ddl)潜力的新结构类型抗生素.以活性较强的Ddl抑制剂作为训练集,使用Discovery Studio软件中的 HipHop 模块构建 10 个药效团,以性能最好的药效团对 Specs 化合物库进行虚拟筛选,然后通过LibDock进行基于分子对接(PDB ID:1IOW)的筛选.结果表明,high_active_08 模型预测性能最佳,该模型含有 2 个氢键受体和 3 个氢键供体共 5 个药效团特征元素.用药效团模型、分子对接对Specs库进行高通量筛选,通过结合模式分析最终从约 21 万化合物库中得到 34 个化合物,经过分子聚类确定 11 个有潜力且与药效团匹配度高的多样性Ddl 小分子抑制剂.high_active_08 药效团模型可以筛选出具有Ddl抑制潜力的结构新颖的抗菌化合物.
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Ddl inhibitors,pharmacophore,molecular docking,virtual screening
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