基于GEO数据库的银屑病lncRNA筛选与ceRNA网络构建

目的:构建银屑病竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络,为银屑病发病机制提供生物信息学参考.方法:基于基因表达综合数据库(GEO)筛选差异表达的lncRNA并通过相关性分析找到与其相关的编码基因,进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.使用lncBase数据库预测lncRNA的靶向微小RNA(microRNA,miRNA);使用TargetScan数据库预测编码基因靶向miRNA;利用Cytoscape构建ceRNA网络.结果:本研究基于差异表达的lncRNA构建出6个lncRNA(LIN01094、LINC01215、KLF-AS1、T1NCR、EMX20S、C14orf132)介导的 lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA 网络,显示这些lncRNA可能通过影响细胞周期、蛋白酶体、DNA复制、细胞因子-细胞因子受体的相互作用、FoxO信号通路等发挥作用.结论:差异表达的(lncRNA LIN01094、LINC01215、KLF-AS1、TINCR、EMX2OS、C14orf132)可能作为ceRNA发挥调控功能,参与银屑病发病.