基于16S rDNA测序技术分析新生儿败血症肠道菌群特征研究

目的 基于16S rDNA测序技术分析新生儿败血症肠道菌群特征.方法 临床标本收集及处理:收集医院新生儿败血症手术患儿及确诊的新生儿败血症非手术患儿粪便(肠内容物),同时搜集匹配对照患儿粪便(肠内容物),采用基于细菌16s rDNA高通量测序的方法分析两组患儿细菌组成差异;利用PICRUSt技术对两组患儿肠道菌群功能进行预测;采用LC-MS与GC-MS平台对两组患儿细菌代谢产物进行分析.结果 新生儿败血症肠道菌群发生变化,变形菌门增加,厚壁菌门减少;基因功能预测结果显示患儿脂类物质(尤其是丙酸及丁酸)合成能力以及有害异物代谢能力不如对照组患儿,差异有统计学意义(P＜0.05).LC-MS代谢组学分析结果证实败血症患儿与对照组患儿肠内容物代谢产物有明显差异,差异最显著通路为丁酸酯类物质的合成.GC-MS靶向代谢组学结果进一步证实败血症患儿肠道乙酸(371.4 μg/g)及丁酸(49.3μg/g)含量低于对照组患儿的乙酸(1 242.9μg)及丁酸(107.9μg)含量,两组比较差异均有统计学意义(均P＜0.05).结论 基于16s rDNA高通量测序技术为研究肠道菌群铺平了道路,通过PCR扩增将所有含有保守序列的微生物片段进行扩增、捕获,再根据细菌的变异序列(即每种细菌所特有的序列)进行测序分析及比对,以确定细菌的种属;相较于DGGE技术,高通量测序对样本DNA含量要求更低.