牛源化脓隐秘杆菌的比较基因组学分析
Acta Ecologae Animalis Domastici（2023）
Abstract
为了研究吉林地区不同患病部位牛源化脓隐秘杆菌(Trueperella pyogenes)耐药表型存在差异的原因,阐明化脓隐秘杆菌的遗传进化关系,将从膝关节分离得到的化脓隐秘杆菌命名为TP2,并通过PacBio RS II技术对菌株TP2 的全基因组进行测序.将菌株TP2 进行药敏试验并与前期研究结果进行比对,发现菌株 TP1 和菌株 TP2 的耐药表型有差异.将菌株TP2 的全基因组测序结果与ARDB数据库比对,发现菌株TP2 仅有 1 个抗生素抗性基因,而前期研究中菌株TP1 有 6 个抗生素抗性基因.将菌株TP2 与前期研究中菌株TP1 的全基因组进行系统进化分析和共线性分析,发现菌株 TP1 和菌株 TP2 的亲缘性最显著.将菌株TP2 与前期研究中菌株TP1 的全基因组进行Ka/Ks分析,发现菌株TP1 和菌株TP2 存在部分基因Ka/Ks值大于 1,基因受正选择.以上研究结果为化脓隐秘杆菌基因的遗传进化和耐药机制的研究提供参考,为预防和治疗化脓隐秘杆菌病提供了理论基础.
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Trueperella pyogenes,cattle,whole genome sequencing,comparative genomics
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