利用WGCNA挖掘种公鸡睾丸和附睾中影响精子活力的核心基因

种公鸡的精子活力对养禽业的可持续发展至关重要,通过加权基因共表达网络(WGCNA)分析法挖掘种公鸡睾丸、附睾中调控精子活力的基因共表达模块和核心基因,并构建与种公鸡精子活力相关的调控网络.基于团队前期对不同精子活力种公鸡睾丸、附睾组织转录组测序数据的分析,用WGCNA方法构建基因共表达网络,识别与表型性状显著相关的基因模块,并对关键模块基因进行GO功能注释、KEGG通路富集分析.用Cytoscape软件筛选每个关键模块的核心基因并构建可视化共表达网络.结果表明,14 227个基因聚类到 11 个模块,以决定系数(R2)≥0.6、P<0.05 为标准挖掘出青绿色(Turquoise)模块、黄色(Yellow)模块、红色(Red)模块与表型显著相关.对 3 个关键模块的基因进行功能分析,发现这些基因显著富集在核苷酸切除修复、同源重组、细胞色素P450对异类物质代谢、MAPK信号通路和细胞凋亡等通路上.选出的IFT家族基因与HMOX2、CYP4B1、ANG、ITGB2 基因是与种公鸡精子活力相关的核心基因,可作为提高精子活力的潜在基因.