不同鸡种TRNAL-AAG基因序列比较分析

PAN Rui,ZHENG Shenghan,KONG Linglin, CHAO Long,ZHANG Yi,LIANG Wenshuang,YANG Ting,YANG Tingshuo,CHEN Guohong,CHANG Guobin

China Poultry（2018）

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摘要

本研究利用目标区域捕获测序技术对TRNAL-AAG(transfer RNA leucine(anticodon AAG))基因进行序列测定,找出不同鸡种TRNAL-AAG基因序列上的差异,为鸡抗病育种研究提供基础材料.利用MEGA X软件对25个鸡种和6种其他鸟类的基因序列进行比对分析,统计SNPs位点和Indel位点,并构建系统进化树进行分析.结果发现该基因SNP共19个,有义突变16个,均集中在序列第47位和第50位,可作为该基因有关抗病的候选SNPs位点.另外,该基因在25个鸡品种间高度保守,没有碱基插入或缺失且相似性高达98％,仅有雪山草鸡和北京油鸡存在一个有义突变,体现两品种在该基因上的多态性.进化树将31种鸟类分为两类:雪山草鸡和北京油鸡及所选6种鸟类聚为一类,其余鸡种聚为一类.说明鸟类品种间的同源性较小,不同鸟类品种TRNAL-AAG基因具有较为丰富的遗传多样性.

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