基于SCoT标记的金线莲遗传多样性分析

使用SCoT分子标记方法对金线莲(Anoectochiilus roxburghiii)进行亲缘关系分析及DNA指纹图谱构建,从分子水平对金线莲进行区分.通过正交实验优化金线莲SCoT-PCR的反应体系,并筛选多态性较好的SCoT引物及确定这些多态性引物的最佳退火温度,利用筛选出来的多态性引物在最佳的扩增条件下对金线莲样品进行分析,然后通过NTSYS软件进行聚类分析,并构建DNA指纹图谱和遗传关系聚类图.结果表明:dNTPs浓度对金线莲SCoT-PCR扩增效果影响最大,而引物浓度对其影响效果最小;金线莲SCoT-PCR最佳扩增体系为基因组 DNA 2.4 ng/μL,引物浓度 0.72 μmol/L,dNTPs 0.60 mmol/L,MgSO4 2.8 mmol/L,Super-Fidelity enzyme 1.1 U.本实验共筛选了 10条多态性较好的SCoT引物,共扩增出139条条带,扩增条带数最多的是SC6,有15条,扩增条带数最少的是SC2,只有11条;其中SC12能对所有金线莲样品进行鉴定.在遗传距离为0.70时可以将12份宁波金华金线莲种质分为三类;在遗传距离为0.648时,将5份福建金线莲种质分为2类;在遗传距离为0.372时将6份温州种质金线莲分为2类,其中金华和厦门的红霞金线莲的亲缘关系最近,福建和金华的尖叶金线莲的亲缘关系最近.综上所述,不同产地和不同品种金线莲样品具有丰富的遗传多样性,筛选出来的SCoT引物对金线莲种质资源可以进行有效地鉴定.