森林茶园古茶树大理茶叶绿体基因组密码子偏好性及系统发育研究

大理茶(Camellia taliensis)是古茶林森林茶园的重要茶种之一,参与了大叶茶的起源驯化.为了解大理茶叶绿体基因组密码子偏好性,探讨影响密码子偏好性形成的因素,对其进行了中性绘图分析、ENC-plot、PR2-plot 分析,并寻找最优密码子.结果表明,大理茶叶绿体 54 条编码序列(CDS)的 GC 含量为 37.68％,GC1、GC2 的含量分别为 46.44％、39.77％,高于 GC3(27.67％),说明其叶绿体基因组密码子末位碱基偏好以 A、U 结尾;有效密码子数 ENC 范围为 35.64～56.67,平均值为 46.1,表明其密码子偏好性较弱;中性绘图分析、ENC-plot 分析和 PR2-plot 偏倚分析表明,影响大理茶叶绿体密码子偏好性的主要因素是自然选择;有 11 个密码子被确定为最优密码子.虽然基于matK基因和CDS序列构建的茶组植物系统发育树显示的拓扑结构有所不同,但所有树型均显示大理茶与秃房茶聚为一支,且是栽培茶的近缘种.本研究为解析大理茶的遗传进化,系统发育提供了基础,为大理茶重要农艺性状改良提供了科学依据.