宏基因组学技术分析四川省集约化猪场中仔猪腹泻粪便的病毒种群

旨在了解四川省集约化猪场腹泻仔猪粪便中病毒种群的变化.于2019年从四川省15个猪场采集腹泻仔猪粪便样本共156份,每个猪场挑取3份样本混合成1个pool样,提取其总RNA并进行高通量测序,利用SOAP denovo 软件进行序列组装,并对病毒的种类和分子特征进行研究.分析结果显示,腹泻仔猪粪便样本中的病毒种群包括12个科的20种病毒,以冠状病毒科(Coronaviridae)成员为主,与腹泻相关的主要病原有猪流行性腹泻病毒(porcine pidemic diarrhea virus,PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(porcine infectious gastroenteritis virus,TGEV)和猪轮状病毒(porcine rotavirus,PoRV).获得PEDV N基因的完整基因组和TGEV、猪星状病毒2型(porcine as-trovirus,PAstV-2)、posavirus 1和猪细小病毒4型(porcine parvovirus,PPV-4)的部分基因组.系统发育结果显示,PEDV、TGEV、PAstV-2、posavirus 1和PPV-4均与参考毒株有较近的遗传进化关系.研究结果表明,2019年四川地区仔猪腹泻粪便中病毒种类复杂多样,冠状病毒丰度有所上升,为四川省仔猪腹泻的防控提供了一定的数据支撑.