石栗叶绿体基因组研究

石栗(Aleurites moluccana)是大戟科石栗属的常绿阔叶乔木,具有能源、药用和观赏价值.为填补石栗叶绿体基因组研究的空白,通过二代高通量全基因组测序,组装和注释了石栗叶绿体基因组,并进行基因组特征和系统发育分析.结果显示,石栗叶绿体基因组为典型的四段式结构,总长度为163 298 bp,LSC、SSC及IR的长度分别为91 301、18 501和26 748 bp.石栗叶绿体基因组共有131个基因,包括8个rRNA基因,37个tRNA基因,86个蛋白质编码基因.研究发现145个SSR位点,检测到重复单元有单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸,数目分别为80、53、10和2个.共线性分析结果表明,石栗叶绿体基因组存在基因倒位和重排现象.利用最大似然法和贝叶斯法构建了系统发育树,显示石栗与油桐(Vemicia fordii)和东京桐(Deutzianthus tonkinensis)亲缘关系较近,并形成姐妹群.利用化石时间进行定年分析,表明石栗属、油桐属和东京桐属的分化时间为25.94 Ma(95％HPD:24.71-63.32 Ma).该研究丰富了石栗基因组信息,可为石栗种质资源的开发利用提供基础遗传数据,同时为石栗属物种鉴定及系统发育研究提供参考.