厦门市境外输入新冠病毒奥密克戎变异株基因组特征分析

目的 分析厦门市输入性新冠病毒奥密克戎(Omicron)变异株的基因组序列特征,为防控境外输入性Omicron变异株引起的本土疫情提供理论依据.方法 采集厦门市2021年12月-2022年2月输入的144例新冠肺炎病例鼻拭子样本,用二代测序技术进行新冠病毒基因组测序,对获取的全基因组序列进行变异位点检测,并基于邻接法用Mega软件构建进化树.结果 去除低质量序列后,共获得119例病例的组装完整的病毒基因组序列,1x覆盖度99.3％～99.6％.Pangolin分型显示,共鉴定出17个Omicron变异型,包括11个BA.1及其分支,6个BA.2及其分支.共发现149个核苷酸突变位点,71个新发氨基酸突变位点:其中ORF1ab区50个、S蛋白区4个、ORF3a区6个、ORF7a区2个、ORF8区2个、N蛋白区7个.在S蛋白的受体结合域关键位点上未发现变异.结论 在Omicron变异株流行初期,揭示了厦门市输入性Omicron变异株病毒序列的基因组变异特征,为持续监测新冠病毒基因组变异奠定了基础.