庆阳市本土新冠病毒Omicron变异株的全基因组特征分析

本文将高通量测序技术应用于新型冠状病毒感染(COVID-19)的疫情防控当中,从基因组水平上了解新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的分子学特征及变异情况,从而为疫情的防控提供科学的参考及准确的研判依据.我们选取2022年8月-9月庆阳市报告的新冠疫情本土感染者标本作为研究对象,对标本进行核酸检测和病毒全基因组测序并进行序列比对,使用MEGA分析软件基于邻接法构建病毒进化树,从而了解病毒的分子学特征及相关性.本研究所选取的9例病例均为普通型病例,核酸检测Ct值均较低.Nextclade分型结果显示:9条序列均属于21L型Omicron变异株;Pangolin分型结果显示:9条序列均处于Pangolin谱系中的BA.2.76进化分支上.与武汉参考株Wuhan-Hu-1(NC_045512.2)相比,9条SARS-CoV-2序列的核苷酸同源性中位数为94.6％,核苷酸突变类型包括76～78个替换突变和3处缺失突变,氨基酸突变位点共涉及10个基因编码框,按氨基酸错义突变总数由多到少依次为:S蛋白区,ORF1ab区,N蛋白区,M蛋白区,E蛋白区和ORF3a、ORF6、ORF8、ORF9b区.进化分析结果显示:本研究获得的9条SARS-CoV-2全基因组序列处于Omicron变异株BA.2.76谱系.SARS-CoV-2在流行传播过程中,不断出现传播能力增强、抗体有效性降低及免疫逃避的新毒株,未来也将可能出现新的变异株,庆阳市首次将高通量测序技术应用到新冠病毒感染的疫情防控当中,从基因组水平上了解病毒的分子学特征,对监测庆阳市疫情防控及准确的研判具有重要意义.