基于微卫星的相关性测试对新型冠状病毒的遗传多样性研究

微卫星(microsatellites)在新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的基因组表达调控、种群遗传进化以及宿主免疫互作调节方面发挥重要作用.该研究利用NCBI数据库以及微卫星分析系统筛选并测试SARS-CoV-2原株及变体中不同微卫星数量与遗传特征的关联,探索影响SARS-CoV-2遗传多样性的微卫星特征.通过生物信息学分析,构建SARS-CoV-2的全基因组序列库,并收集关于序列库的遗传特征、微卫星数量以及微卫星相对位置分布特征信息;通过生物统计学分析,对不同微卫星数量进行相关性测试以及单样本Wilcoxon符号秩非参数检验.结果表明,SARS-CoV-2的原株与变体(除Lambda和Omicron)中不同微卫星数量、占比与相对位置分布特征相似.2核苷酸重复(77%～78%)、3次基序重复(22%～23%)以及全长6 bp(73%)的微卫星占比较高,而ORF3a(0.48/100 bp)、E(0.44/100 bp)与N(0.40/100 bp)3个编码区序列的微卫星密度也较高.总平均微卫星数量与碱基含量间存在显著的负相关性(r:-0.799 6;P:0.009 7),但与碱基替换量无显著相关性.本研究丰富了分子生物学领域对SARS-CoV-2的遗传多样性以及进化机制的研究,并为新型冠状病毒感染疫情的防治提供了新思路.