基于人源性乳腺癌类器官的质谱成像数据分析

目的 介绍一种兼容高通量常压质谱成像数据的可视化分析流程.方法 2022年10月于北京大学第三医院进行手术切除获得乳腺癌组织,并采用机械压滤法悬浮过夜获得人源性乳腺癌类器官.将类器官转移至载玻片上,喷涂2,5-二羟基苯甲酸(DHB)基质进行质谱分析,并将通过常压的质谱成像数据进行格式转换后,导入MSiReader软件,经过数据预处理、二维及三维质谱成像数据的可视化,共定位分析等操作,实现对质谱成像数据的可视化分析.结果 采用MSireader软件将.Raw转化为.imzML格式数据以便于读取;经数据预处理后发现,选用Mean进行数据归一化时背景去除效果最显著;在MSiReader软件中,可在二维质谱图中直观观察不同分子在类器官表面的异质性空间分布情况,质谱成像数据除了以二维伪彩图的形式展示分子的信号强度外,还可以更加清晰直观地以三维展示;MSiReader软件中的RGB共定位分析工具,除了能够查看单个分子在类器官表面的分布情况,还有利于寻找分布于特定空间区域的分子共定位情况.结论 利用MSiReader软件,提出了一种基于人源性乳腺癌类器官达到可视化分析常压的质谱成像数据分析系统.