类风湿性关节炎患者滑膜组织lncRNA HCP5表达上调并与免疫细胞浸润相关

目的 通过机器学习筛选类风湿性关节炎(RA)滑膜中潜在发病相关长链非编码RNA(lncRNA)及与各种免疫细胞浸润的相关性.方法 通过基因表达数据集(GEO)数据库获取多个RA滑膜的基因芯片数据,归一化后通过多种机器学习方法筛选并取交集得到关键的lncRNA.使用估计已知RNA转录本的相对子集识别细胞类型(CIBER-SORT)算法计算滑膜中22种免疫细胞浸润情况,计算关键lncRNA与免疫细胞的相关性,最后通过实时定量PCR验证关键lncRNA在RA滑膜细胞中表达情况.结果 筛选出RA关键lncRNA人类白细胞抗原复合物P5(lncRNA HCP5).免疫浸润分析显示,在RA滑膜组织中,CD8+T细胞、γδT细胞、M1型巨噬细胞比例升高而M2型巨噬细胞的比例减少.lncRNA HCP5的表达与CD8+T细胞、γδT细胞、M1型巨噬细胞呈正相关.实时定量PCR结果显示在RA滑膜细胞lncRNA HCP5表达上调.结论 lncRNA HCP5在RA滑膜细胞表达上调,可能与滑膜免疫细胞的浸润有关.