两个油梨品种转录组SSR特征比较分析及其分子标记开发

本研究通过对'哈斯'(Hass)与'福尔特'(Fuerte)2个油梨品种转录组中SSR位点特征进行比较分析,设计引物并验证其多态性,为油梨开发新的SSR分子标记提供数据基础.利用MISA软件分别从油梨品种'Hass'和'Fuerte'的转录组数据中发现SSR序列6 449个和6 312个.统计结果显示,二核苷酸重复类型数量最多,占'Hass'和'Fuerte'SSR总数的48.44％和48.32％,AG/CT为出现频率最高的核苷酸重复基元,在'Hass'中共2 477个(38.41％),在'Fuerte'中共2 478个(39.26％);各核苷酸重复类型在5次重复中出现的次数最多,'Hass'品种中为1 539次,占比为23.86％,在'Fuerte'中为1 543次(24.45％);两个品种最优势的10个微卫星类型相同;'Hass'品种特有重复基元26种,'Fuerte'品种特有重复基元32种.用Primer 3.0软件为'Hass'、'Fuerte'油梨转录组SSR序列成功设计出13 686、13 398对引物.随机选择25对引物对8份油梨种质资源进行多态性检测,分别得到11和10对多态性引物,多态性比率分别为44％和40％.本研究结果表明,两个油梨品种微卫星分布特征基本一致,油梨转录组可作为开发SSR分子标记的有效来源,得到的大量SSR标记可为油梨的遗传多样性分析、亲缘关系鉴定及分子标记育种提供理论依据.