基于ITS和aptB-rbcL序列对关苍术(Atractylodes japonica)种内变异的分析

以NCBI核酸数据库中关苍术DNA序列为研究对象,筛选出ITS和atpB-rbcL两个目标片段,利用MEGA 6.0和DnaSP 6.0分别对所获得的序列进行分析,为全面了解关苍术的种内变异和苍术属的物种界定提供依据.结果 显示:(1)30条ITS序列中包含20个单倍型,15个信息位点.平均杂合子2.2,平均缺失位点2.3,单倍型多样性与核苷酸多样性较高,分别为0.744和0.003 63,核苷酸平均差异值为2.267;(2) ITS序列保守值为0.953,最小窗口长度为60,共发现2个保守区域,分别长129 bp和77bp;(3)所有26条atpB-rbcL序列中有9个单倍型,单倍型多样性为0.665,种内平均遗传距离0.001 6,核苷酸多样性为0.001 6,转换/颠换为1.163;(4) atpB-rbcL序列保守值为0.985,最小窗口长度为179,1个保守区域长度为263 bp;(5)两种序列构建的邻接法系统树均支持将关苍术划分成两个主要分支.本研究认为,关苍术种内变异丰富,ITS序列致同进化不完全无法直接测序使用,atpB-rbcL序列在解决其种内变异问题上具有特殊的优势.关苍术基因组来源于两个不同的谱系,可能是一个混合类群.