朝仓花椒转录组密码子偏好性分析
Molecular Plant Breeding（2020）
Abstract
生物体内密码子的使用偏好性对外源基因在宿主内表达存在较大的影响.为研究朝仓花椒密码子偏好性,本研究利用CodonW软件对花椒7 014个编码氨基酸基因序列进行密码子偏好性分析,计算了编码氨基酸的密码子使用频率,结果显示花椒偏好使用以碱基A/U结尾的密码子,共有23个,如AGA、CCU、CCA等.少量使用以碱基G/C结尾的密码子,共有8个,如GAG、UUG、CUC等.与毛果杨、拟南芥、大肠杆菌、酵母、克莱门柚进行密码子偏好性比较,发现花椒与其他物种偏好性差异较大的密码子分别有21、20、26、22和27种,其中与拟南芥差异最小,与大肠杆菌、克莱门柚差异最大.该研究对花椒基因的异源表达及蛋白功能验证具有重要的指导意义.
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