杜寒杂交羊四个候选基因多态性与体尺性状的关联分析

为了探寻影响杜寒杂交羊体尺性状的遗传标记,试验通过Multiplex SNaPshot技术对72只6月龄杜寒杂交羊的HMGA1、HMGA2、PLAG1和BMPR1B四个影响体型大小的候选基因中的20个SNPs位点进行了基因型分型,应用PLINK v1.07软件对单核苷酸多态性(SNPs)位点与体尺性状(体斜长、体高和管围)进行单点关联分析,利用Excel软件进行等位基因替代效应分析,并应用Haplo View version 4.2软件进行单倍型构建及连锁不平衡分析.结果表明:除2个SNPs位点外,其他18个SNPs位点均存在突变基因型.HMGA1基因上游的rs405972023位点与体斜长和管围呈显著相关(P＜0.05),rs404165907位点与体斜长呈显著相关(P＜0.05);HMGA2基因第2内含子区域的rs399648873位点和该基因上游rs409565324位点与体高呈显著相关(P＜0.05);位于PLAG1和BMPR1B基因及其周边区域的SNPs位点与杜寒杂交羊体尺性状未呈现显著相关(P＞0.05).HMGA1基因rs405972023位点TT基因型个体的体斜长极显著高于CT基因型个体(P＜0.01),rs404165907位点AA基因型个体的体斜长显著高于CA和CC基因型个体(P＜0.05).HMGA1基因中的4个SNPs位点呈现强连锁,共构建出4种单倍型频率大于0.03的单倍型组合,TCAA、CTCG、TTAG、TTCG 单倍型频率分别为 0.479,0.318,0.096,0.071.说明 rs404165907 与 rs405972023 位点是可用于杜寒杂交羊体斜长育种的潜在分子标记.