柑橘大实蝇低覆盖度基因组及其分析

为探究柑橘大实蝇Bactrocera minax的全基因组信息,以海关口岸截获的柑橘大实蝇样本为材料,提取DNA后构建350 bp短片段文库,采用Illumina二代测序平台开展全基因组测序,进行基因组组装、完整性评估和注释分析.结果表明,柑橘大实蝇的基因组大小为368.14 Mb,重复序列占比为16.27％,杂合率为0.79％,属于中等杂合度基因组.基因组组装得到43124条contigs,con-tig N50长度为94994 bp.BUSCO评估显示,组装的基因组可完整覆盖98.80％昆虫保守的单拷贝直系同源基因,表明该组装的完整性很高,可以满足后续分析.通过EVM注释流程整合了从头预测、同源预测和基于转录组预测等不同方法的注释结果,共预测到35655个蛋白编码基因,其中24343个基因有功能注释.