2020年昆明市6起手足口病聚集性疫情病原学监测及CV-A6分子特征分析

目的 了解云南省昆明市手足口病的病原学特征,分析主要病原柯萨奇病毒A6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)的流行特征.方法 采集昆明市2020年6起手足口病聚集性疫情中19个病例的粪便样本,用实时荧光RT-PCR法检测肠道病毒并测定VP1基因序列,比较核苷酸、氨基酸序列同源性,并进行氨基酸位点变异及基因进化分析.结果 19份粪便样本中有18份检出肠道病毒核酸,其中14份为CV-A6阳性,测序成功13份,均为D3基因亚型D3a进化分支.13株CV-A6之间核苷酸同源性为97.2％～100.0％,氨基酸同源性为98.7％～100.0％,12株与2020年曲靖株(LC626198、LC626200)亲缘关系较近,1株与2019年眉山株(MW178716)亲缘关系较近.测序成功的13株CV-A6 VP1区氨基酸变异主要在S97N、A128V、E129G、F130S、T131P和S139R等位点,未出现V1741变异.结论 2020年昆明市手足口病聚集性疫情的主要病原是CV-A6,属于D3基因亚型D3a进化分支.