基于TCGA数据库的胆囊癌关键基因及预后基因的挖掘与分析

目的 通过TCGA数据库深入挖掘胆囊癌发生的关键基因,寻找胆囊癌的预后基因.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载胆囊癌及癌旁正常组织转录组数据,采用R软件中的edgeR包对数据进行差异表达分析,将获取的差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,并通过STRING在线生物信息学工具构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,通过Cytoscape软件进行关键基因筛选,利用R软件中的survival包对关键基因进行生存预后分析.结果 共获取胆囊癌差异表达基因1766个,其中上调基因1172个,下调基因594个.差异基因主要富集于环氧酶P450途径、细胞器膜、四烯酸环氧酶活性和代谢途径.构建PPI网络,获取10个关键基因,分别是BUB1、BUB1B、CDK1、UBE2C、KIF2C、AURKB、CDC20、KIF23、CCNB2和KIF20A.生存分析显示,KIF23与胆囊癌的预后显著相关.结论 基于TCGA数据库挖掘出10个胆囊癌关键基因,有助于深入了解胆囊癌的发生发展过程,KIF23有可能成为胆囊癌潜在的治疗靶点及预后标志物.