橄榄果实转录组SSR和SNP/InDel位点特征

简单重复序列标记(simple sequence repeats,SSR)和单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism,SNP)具有高灵敏度和高特异性特征,挖掘不同类型橄榄果实性状相关分子标记可为其分子辅助育种提供参考.本研究以充分成熟的长营和惠圆橄榄果实为材料,经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq平台进行转录组测序,并采用MISA 1.0和GATK3软件分析转录组的SSR、SNP和插入缺失标记(Indel)位点特征.结果在橄榄果实转录组的10 124条unigenes上鉴定到13 935个SSR位点,发生频率为22.98％,平均每1 kb序列出现0.25个SSR位点,平均长度为14.34 bp;其中,单碱基重复基元类型的SSR位点数量最多(占比66.80％),长度为10～64 bp,平均长度为12.85 bp,重复基元的重复次数集中在9～12次,频率最高的基元为A/T(占比66.67％);六碱基重复基元类型的SSR位点数量最少(占比0.47％),长度为30～54 bp,平均长度31.76 bp,基元重复次数集中在5～8次,频率最高的基元为AGATGG/ATCTCC(占0.04％).在橄榄果实转录组中共检测到284 992个SNP位点,平均每1 kb序列含有5.21个;其中,转换类型的SNP位点数量为166 162,包括C/T和A/G两种;颠换类型的SNP位点数量为118 830,包括A/T、A/C、T/G和C/G四种.此外,橄榄果实转录组中共挖掘到18 548个InDel位点,平均每1 kb序列存在2.95个,其中含有1个InDel位点的unigenes数量最多(7853条);通过比对预测发现,含有最多InDel位点的unigene可能是胼胝质合成酶基因.研究结果表明,通过转录组测序可有效开发橄榄SSR和SNP/InDel标记,不同性状橄榄果实中存在丰富多样的SSR位点且广泛分布SNP/InDel位点.该研究结果为橄榄果实性状鉴定标记的开发提供数据基础.