2008-2018年四川省肠炎沙门菌暴发的分子分型比较

目的 比较四川省肠炎沙门菌暴发菌株的分子分型方法,为暴发溯源提供快速可靠的依据.方法 采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点可变数目重复序列分析(MLVA)、规律间隔成簇短回文重复序列(CRISPR)、多位点序列分型(MLST)和基于全基因组测序的单核苷酸多态性(WGS-SNP)对2008-2018年四川省肠炎沙门菌暴发分离株进行分型.以辛普森多样性指数(DI)为指征,比较单一方法及方法联用的分型能力差异.结果 PFGE、MLVA、CRISPR和MLST单独使用时,其DI值均＜0.9,PFGE XbaⅠ和MLVA联合使用DI值能提高到0.9以上,WGS-SNP的DI值最高,可达0.971.结论 对四川省肠炎沙门菌暴发菌株进行分子分型的最适方法为WGS-SNP,在缺乏基因组分析能力的情况下,推荐使用PFGE XbaⅠ与MLVA联合的方法.