蛋白质中两种Strand-Loop-Strand模体的判断

目的:蛋白质的结构决定其功能,为了解蛋白质功能,需要了解蛋白质结构.随着基因测序的发展,大量蛋白质一级结构被测出,但直接从蛋白质的序列出发来预测高级结构,仍很困难,尤其是三级结构的预测.然而由超二级结构获得的结构信息可用于三级结构的预测,对蛋白质三维结构及功能预测有重大意义.方法:由一级结构出发,考虑氨基酸序列信息以及氨基酸的亲疏水性,利用Fisher判别法区分两种Strand-Loop-Strand超二级结构模体.结果:采用7交叉检验,Loop长为2～8时,最后平均结果为Q=71.8％,QL=68.2％,QH=73.4％,MCC=0.39.如Loop长度相差不大时,预测结果更好,如选取Loop长为2、3、4的序列,7交叉检验结果为Q=75.2％,QL=69.4％,QH=77.7％,MCC=0.45.结论:以氨基酸信息为特征指标,利用Fisher判别法能较好地区分两种Strand-Loop-Strand超二级结构模体.