基于18S和28S rDNA基因的房舍甲螨DNA条形码比较研究

目的 比较18S和28S rDNA基因应用于房舍甲螨物种鉴定的有效性及适用性.方法 2021年2-10月在安徽省部分地区(亳州、阜阳、淮南、滁州、合肥、芜湖、铜陵、安庆和黄山等9市)的居室、农舍及仓储等房舍采集灰尘并分离甲螨,利用形态学特征鉴定螨种,提取单只甲螨基因组DNA,PCR扩增甲螨18S rDNA,28S rDNA D3和D8基因片段并测序.从GenBank下载房舍甲螨基因序列,用MEGA X软件进行序列特征分析和遗传距离计算,并通过ABGD网站进行DNA条形码间隙分析.采用邻接法构建甲螨的系统进化树.结果 共采集甲螨53只,经形态学鉴定属于3科5属5种,分别为滑菌甲螨(15只)、盛若甲螨(9只)、新小奥甲螨(10只)、棒梳枝奥甲螨(10只)和间新美奥甲螨(9只).从该5种甲螨扩增获得18S rDNA、28S rDNA D3和D8基因单倍型分别为7、5和11条;从GenBank中共下载房舍甲螨序列42条.序列分析结果显示,18S rDNA、28S rDNA D3和D8基因长度分别为442～590、247～331、270～283 bp,GC含量分别为 45.6％、52.2％和 57.5％,变异率分别为 17.6％、21.4％和 21.7％.18S rDNA、28S rDNA D3 和 D8 基因种内遗传距离平均值分别为0.001、0.001和0.005,种间遗传距离平均值分别为0.064、0.115和0.109,种间遗传距离平均值均大于种内遗传距离平均值(10倍以上).DNA条形码间隙分析结果显示,18S rDNA和28S rDNA D3基因种内和种间遗传距离存在重叠区,28S rDNA D8基因则存在明显DNA条形码间隙.系统进化树分析结果显示,房舍甲螨科属分类阶元聚类结果与形态学聚类结果一致,金黄缝甲螨和淡红缝甲螨在18S rDNA基因系统进化树显示聚集在一起,无法分开;28S rDNA D3基因系统进化树呈现出交叉类聚.结论 18S rDNA、28S rDNA D3和D8基因能够有效地用于房舍甲螨的物种鉴定,28S rDNA D8基因适合于低分类阶元螨种的鉴定,18S rDNA和28S rDNA D3基因适合于高阶元螨种.