长链非编码RNA共表达基因在卵巢上皮性癌的生物学作用

目的 采用生物信息学方法评估与长链非编码RNA共表达相关基因在卵巢上皮性癌(卵巢癌)的生物学作用.方法 通过数据库检索、perl语言及R语言平台利用皮尔森相关系数和z-test检验目标lncRNA表达水平与蛋白质编码基因(PCG)之间的相关性;随后分别对筛选出的PCG应用GO及KEGG进行生物功能及通路富集分析、STRING数据库及Cytoscape软件进行PPI网络构建、module及hub gene确定;对重要module进行生物学功能分析、通路富集分析及对hub gene进行生存分析.结果 与lncRNA(共9种)共表达且属卵巢癌中差异表达的基因共1,421个.GO分析表明共表达差异基因参与了DNA复制、细胞分裂和细胞增殖等功能富集过程;KEGG分析发现有49个共表达差异基因参与了pathways in cancer信号通路.PPI网络筛选出重要module 2个、hub gene 274个.其中高表达水平的hub gene(CDCA3、BTRC、UBR4、IQGAP1、FBXL3、FGF2、SYT1、TRIM4、REPS1、AGFG1、PCNT、POLK、PTGER3和QKI)与卵巢癌患者的总体生存率(OS)降低显著相关(P<0.05);低表达水平的hub gene(EXO1、MCM3、POLR2D、ANAPC11、SPC24、KLHL25、LSM4、PUF60和EIF3M)与卵巢癌患者的OS降低显著相关(P<0.05).结论 与lncRNA共表达且在卵巢癌中差异表达的PCG参与了卵巢癌的恶性增殖、病情进展及临床预后等生物学行为,这些结论可为后续实验生物学研究提供线索.