广西边境地区与非边境地区结核分枝杆菌基因组学分析

目的 分析广西边境地区和非边境地区结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因型和耐药相关基因的分布特征.方法 收集2015-2017年广西五个地区的结核病定点医疗机构的患者痰液标本,对边境地区(边境组)和非边境地区(非边境组)的MTB分离培养株进行对比研究.采用二代全基因组高通量测序技术对菌株进行基因分型,鉴定MTB菌株谱系,收集MTB耐药基因的变化信息.结果 研究共纳入646株菌株.边境组199株,其中Lineage 1有8株(占4.02％),Lineage 2有126株(占63.32％),Lineage 3有1株(占0.01％),Lineage 4有64株(占32.16％);非边境组447株,其中Lineage1有4株(占0.89％),Lineage 2有299株(占66.89％),Lineage 4有144株(占32.21％),Lineage 3未见.边境组与非边境组基因型构成差异有统计学意义(χ2=9.754,P<0.05).其中Lineage 1和Lineage 4.2基因型在边境组和非边境组的分布差异有统计学意义(χ2=5.763、4.833,P均<0.05).有196株MTB分离株发生了耐药相关基因突变,其中边境组突变率(40.70％,81/199)高于非边境组(25.73％,115/447)(χ2=14.613,P<0.05).突变率前5的耐药基因依次是katG(15.94％,103/646)、ropB(11.30％,73/646)、embB(6.04％,39/646)、rpsL(5.88％,38/646)和 rrsL(3.72％,24/646).其中katG、ropB、rpsL基因在边境组的突变率均高于非边境组(χ2=5.716、9.603、6.979,P均<0.05),对应的katG315、rpoB450、rpsL43基因位点在边境组与非边境组的分布差异也均具有统计学意义(χ2=5.153、12.893、11.693,P均<0.05).结论 广西MTB菌株出现Lineage 1和Lineage 3谱系,可能从邻国传入,需要进一步研究.广西耐药相关基因位点突变的分布与MTB基因型构成有一定的相关性.