RNA-seq数据差异表达分析流程比较

为选择出合适的基因差异表达分析流程,本研究基于松辽黑猪和长白猪脂肪转录组数据,对TopHat2、HISAT2、STAR3种比对工具以及DESeq2、edgeR、limma 3种差异表达基因筛选工具的性能进行分析,并结合KEGG通路富集结果进行综合评价.结果表明:1)HISAT2拥有最快的运行速度,STAR拥有最高的唯一比对率.经综合考虑,本研究选取HISAT2数据进行后续差异表达基因筛选分析.2)DESeq2筛选出616个差异基因,edgeR筛选出890个差异基因,limma筛选出829个差异基因,三者有246个差异基因重合.3)DESeq2、edgeR、limma的上调差异表达基因分别富集到110、108和142条通路,其中有72条通路重合,而下调差异表达基因分别富集到190、247和177条通路,其中有158条通路重合.本研究推荐使用HISAT2进行基因组比对.当研究不存在生物学重复时,推荐使用edgeR进行差异表达基因筛选.而为了减少分析过程中的假阳性,可以选择DESeq2或者两个及以上工具的差异表达基因的交集.本研究将有助于研究人员从转录组数据中获得更好、更全面的生物学见解.