基于生物信息学、分子对接与细胞实验探究C5orf46高表达在胃癌中的意义及潜在的中药干预

该研究旨在探究C5orf46在胃癌中的表达、预后和临床意义,研究C5orf46的潜在有效成分与中药的相互作用.运用ggplot2包对胃癌组织和正常邻近组织中的C5orf46进行差异表达分析;运用survival包进行生存分析、单因素及多因素回归分析,运用Nomogram分析评估C5orf46在胃癌中的表达和总体生存率的关系;最后利用GSVA包对肿瘤浸润淋巴细胞丰度进行计算.Coremine数据库、TCMSP数据库与PubChem数据库用于查找C5orf46基因对应的潜在成分与中药成分,分子对接用于探讨潜在成分与C5orf46基因的结合强度,并利用细胞实验探究空白组、模型组、不同浓度给药组细胞C5orf46基因的相对表达情况.对比正常组织,胃癌组织中C5orf46的表达较高,在早期(T2期、N0期、M0期)有更显著的预测效应;肿瘤原发灶-区域淋巴结-远处转移(tumor-node-metastasis,TNM)分期越晚,C5orf46表达越高,胃癌患者生存概率越低;C5orf46的表达与胃癌中的辅助性T细胞1、巨噬细胞的浸润水平呈正相关趋势,与B细胞、中央记忆型T细胞、辅助性T细胞17、滤泡辅助性T细胞呈显著负相关趋势.C5orf46的对应潜在成分有7个,经过筛选得到3个有效成分,对应中药成分5个,分别为黑豆、大枣、瓜蒌、水飞蓟、天竺黄.分子对接显示唾液酸、单磷酸腺苷(adenosine monophosphate,AMP)与C5orf46结合情况较牢固.RT-qPCR和Western blot结果显示,不同浓度AMP给药组C5orf46 mRNA和蛋白的表达水平均显著低于模型组,且浓度为40μmol·L-1时表达水平最低.研究结果能为临床上治疗胃癌以及其他癌症的中药复方研发提供思路.