基于全基因组分析2017-2021年福建省猪繁殖与呼吸综合征病毒基因组特征

通过对福建地区规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)进行病毒分离及全基因组序列分析,从而了解PRRSV流行情况及基因组特征,为猪场防控PRRS提供理论基础.2017-2021年从福建地区规模化猪场采集疑似感染PRRSV的组织病料和血清,进行病毒分离鉴定,采用RT-PCR方法对PRRSV分离株进行全基因组序列扩增,应用DNAstar 7.0软件进行序列分析,使用MEGA 7.0软件邻近法进行遗传演化分析,并利用生物软件SimPlot 3.51和RDP4.10对PRRSV基因组序列进行重组分析.成功分离得到32株PRRSV-2,其全基因组大小为14 938～15 439 bp(不包括ployA),32株PRRSV之间基因组核苷酸相似性为82.4％～99.4％,与PRRSV-2代表毒株(VR-2332、JXA1、NADC30、QYYZ)和 PRRSV-1代表毒株(LV)之间核苷酸相似性分别为81.4％～99％和59.8％～60.6％.分别基于PRRSV全基因组与ORF5基因构建的遗传进化树对32株PRRSV进行分型,结果显示福建省呈现多种谱系毒株并存,两种分型结果符合率为75％(24/32).PRRSV基因组中Nsp2和ORF5的变异程度最大,Nsp2蛋白存在不同程度的氨基酸(1～155aa)缺失,GP5蛋白主要中和表位发生广泛的变异.32株PRRSV存在较高的重组概率(27/32)且重组模式复杂多样,重组模式有 9 种:L1+L8、L1+L3、L8+L5、L8+L3、L1(Sublineage1.8+Sublineage1.5)+L8、L1+L5+L8、L1+L3+L8、L1+L3+L5、L1+L3+L5+L8,其中19株以NADC30-like PRRSV为主要亲本,重组方式主要为L1+L8和L1+L8+L3,重组热点主要分布在Nsp1、Nsp2、Nsp9和ORF3基因.综上,福建省主要流行毒株为以NADC30-like PRRSV为主要亲本的重组毒株,对PRRSV进行分型应当以全基因组结果为准.