鼻咽癌相关基因TP53、COL1A1、FN1的表达及意义

鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)是我国发病率较高的头颈部恶性肿瘤,但其发病机制仍不清楚.本文采用生物信息学方法筛选NPC差异基因,通过免疫组化进一步分析其在NPC组织和慢性鼻咽炎(chronic nasopharyngitis,CN)组织中的表达及意义.首先,使用R语言从基因表达综合数据库(gene ex-pression omnibus,GEO)和人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)中 筛选出NPC差异基因,对这些基因进行基因本体论(gene ontology,GO)分析、京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路富集分析及蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)分析,利用免疫组化实验检测相关基因在NPC组织和CN组织中的表达情况.结果显示,从GEO数据库中共筛选出257个NPC差异表达基因,其中上调基因50个,下调基因207个;从OMIM数据库检索到了 21个NPC遗传相关基因,NPC组织中表达上调的基因主要富集在cAMP代谢的正调控过程、胶原三聚体及CXCR3趋化因子受体结合的调控等方面.下调基因主要富集于外动力蛋白臂、纤毛运动、乙醇脱氢酶活性和视黄醛脱氢酶活性的调控等方面.上调基因富集最显著的通路是细胞外基质受体相互作用途径,下调基因富集最显著的通路是药物代谢-细胞色素P450代谢途径.蛋白相互作用分析获得了 10个相关基因和1个最强子网络.免疫组化结果证实TP53、COL1A1、FN1在NPC组织中均为高表达.上述研究结果提示,3个相关基因TP53、COL1A1、FN1可能与鼻咽癌的发生发展密切相关,这为今后NPC的发病机制研究和基因治疗提供了一定的理论基础和新的线索.