2021年宁夏新型冠状病毒测序质量分析

目的 分析2021年宁夏新型冠状病毒(简称新冠病毒)测序质量,探索影响因素.方法 2021年10-12月宁夏44份新冠病毒核酸检测阳性样本,以新冠病毒基因组NC_045512.2为参考序列,使用Seqkit、Bowtie 2和Samtools软件统计各样本测序Reads数、基因组覆盖度和平均测序深度,用Ivar软件拼接生成新冠病毒全基因组序列后,使用Quast软件对其质量进行评估.结果 44份样本的ORFlab基因CT值在14～35,测序Reads数在1.5 M～9.8 M,其中41份样本的基因组覆盖度均在99.0％以上、占93.18％;42份样本拼接后得到完整基因组、占95.45％,基因组分数均在99.00％以上;41份样本的平均测序深度在2000X以上、占90.91％.结论 44份样本测序质量较好,病毒载量和病毒序列完整度是影响2021年宁夏新冠病毒测序质量最关键的因素,在基于捕获后进行新冠病毒全基因组测序中,测序Reads数达到1.5 M即可满足基因组拼接需要,继续增加测序Reads数对基因组拼接质量无明显提升.